При наличии всех доступных вариантов нужно рассмотреть, в каких технологиях нуждается "идеальный" сайт электронной коммерции. Если создавать сайт с нуля, а не наследовать сайт, который выполнен на приличном уровне, с чего бы вы начали и что определяет идеальный сайт?
Сколько бы не было креативщиков, агентство не может содержать тысячу этих специалистов. И это ограничивает. Потому всегда лучше иметь возможность пользоваться услугами разных сторон.